よもぎ団子の醍醐味は、野趣あふれる爽快な香りと深い草色にあります。しかし、適切な下処理を怠ると、酵素の働きによってクロロフィル（葉緑素）が酸化分解され、黒ずんだくすんだ色合いになってしまいます。
春先に収穫する生よもぎを使用する場合、生よもぎの下処理と重曹の茹で方がクオリティを決定づけます。摘み取る際は、茎の固い部分を避け、若くて柔らかい「先端から5cmほどの新芽」のみを選別します。水洗いで土やゴミを落とした後、沸騰したたっぷりのお湯（約1リットル）に対し、重曹を小さじ1/2〜1（約3g）投入します。アルカリ性の環境を作ることでクロロフィルの退色を抑え、繊維を一気に軟化させる効果があります。
茹で時間は新芽ならわずか1分〜1分半で十分です。茹ですぎると芳香成分である「シネオール」や「ツヨン」が熱で揮散してしまいます。鍋から引き上げたら間髪をいれずに氷水に放ち、一気に熱を取ることが鮮烈な緑を保つ鉄則です。冷水に10分ほど晒してアクを抜いた後、両手で水分を固く絞り、すり鉢やフードプロセッサーで細かくペースト状に擂り潰します。
一方で、通年手軽に入手できる「乾燥よもぎ粉」を使う際にも、劇的においしく戻す手順が存在します。乾燥粉末は直接粉に混ぜるのではなく、乾燥よもぎ粉の簡単な戻し方として「ぬるま湯での事前ふやかし」を徹底してください。乾燥粉末5gに対してぬるま湯（40℃程度）を約40ml注ぎ、5分間浸します。その後、茶こしやガーゼで軽く水気を絞ってから生地に練り込むと、ダマにならず粉全体に自然な繊維感と芳醇な香りが均一に行き渡ります。
