書類が準備できたら、車庫の所在地を管轄する警察署の交通課（車庫証明窓口）へ向かいます。自宅の管轄ではなく「駐車場がある場所の管轄警察署」である点に留意してください。
警察署の窓口受付時間は原則として平日の午前8時30分または9時00分から午後16時30分〜17時00分頃までです。土日祝日や年末年始は受付を行っていません。昼休みの時間帯（12時〜13時）は窓口が一時休止または縮小される警察署もあるため、訪問時間には余裕を持たせましょう。
窓口に書類を提出して形式審査を受け、問題がなければ申請手数料（証紙等）を納付し、「納入通知書兼領収書（引換証）」を受け取ります。
申請から車庫証明が交付されるまでの発行日数は、通常「中2日〜4日程度」（土日祝を除く3〜7営業日）です。警察官や調査員が実際に現地の駐車場を視察し、申請通りのスペースが存在するか確認を行います。
指定された交付日以降に引換証と標章交付手数料を持参して窓口へ行くと、「自動車保管場所証明書（運輸支局提出用）」「保管場所標章番号通知書」「保管場所標章（ステッカー）」が交付されます。なお、車庫証明の有効期限は発行日から概ね1ヶ月間と定められています。運輸支局での車両登録（名義変更や新規登録）が期限内に間に合うよう、スケジュールを逆算して手続きを進める必要があります。
