沖縄の人々のルーツを巡っては、インターネット上や過去の一般書においていくつかの根強い誤解や俗説が流布してきました。その代表例が「沖縄の人は港川人の直系子孫である」という言説と、「フィリピンやインドネシアなど南方系アジアから直接黒潮に乗ってやってきた集団である」という説です。
まず、沖縄県八重瀬町で発見された約2万2000年前の旧石器時代人骨「港川人」についてです。長年、港川人こそが琉球人、ひいては縄文人の直接の祖先であると考えられてきました。しかし、近年の古代人骨DNA解析プロジェクト（総合研究大学院大学などの研究チーム）によって、港川人のミトコンドリアDNAは現代の日本人や縄文人とは直接繋がらない系統であることが判明しました。港川人は祖先そのものではなく、より古い時代に日本列島周辺に存在していた別系統の集団であった可能性が濃厚です。
また、「東南アジアの島々から直接船で渡ってきた南方系渡来民が祖先だから顔が濃い」という説も、遺伝子解析データによって修正を迫られています。全ゲノム解析の結果が示すのは、琉球の人々の遺伝的基盤は、北海道のアイヌ民族や本土の縄文人と最も近縁であるという事実です。つまり、遠く東南アジアから直接移住してきた集団が独立して築いたのではなく、日本列島を南下した古モンゴロイド系の縄文人集団がベースとなり、その後の交流を通じて形成されたのが琉球民族の歴史的経緯です。「外国の血が入っているから濃い」のではなく、「原初的な日本人の形質を最も美しく保存している」というのが科学の導いた真実です。
