「どうしても紙の通帳のほうが管理しやすい」「提出のたびに印刷するのが手間に感じる」という理由から、Eco通帳から従来の紙通帳へ戻したいと考える利用者もいる。システム上、紙通帳への切り替え（再発行）は可能だが、現在の大手銀行ではコスト負担が重く設定されている。
近年のメガバンク各行におけるEco通帳紙通帳再発行手数料は、1冊あたり1,100円〜5,500円（税込）程度に設定されていることが一般的だ。さらに、18歳以上70歳未満の口座開設者に対しては「紙通帳利用手数料」として毎年550円前後の口座維持管理費を課す銀行も増えている。
物理的な紙通帳へ戻すことは経済的なデメリットが大きいため、必要な時期の明細のみを自宅やコンビニで印刷し、普段はデジタル上で管理する運用のほうが圧倒的に合理的と言える。
