クラゲの群れがもたらす影響は、遊泳客の不快感だけにとどまりません。一次産業から基幹エネルギー供給設備に至るまで、実害の規模は年々深刻さを増しています。
沿岸漁業におけるクラゲ大量発生の漁業被害は甚大です。傘の直径が1メートル以上、重量100キログラムを超えるエチゼンクラゲが数百個体も網に入ると、網自体が重みで破断します。また、網の中で魚がクラゲの刺胞毒に触れて鮮度が急激に劣化し、商品価値を失う「刺毒被害」によって、水揚げ金額が大幅に目減りする事例が全国の漁港で報告されています。
また、臨海部に位置する火力・原子力発電所では、復水器の冷却用海水を引き込む発電所の取水口にクラゲが押し寄せるトラブルが頻発しています。除塵機（スクリーントラッシュ）の処理能力を超える大量のミズクラゲが流入すると、取水路の水位が急低下し、プラントの自動停止や出力を抑制せざるを得ない事態に直結します。現場では、防護網の二重化や超音波・エアカーテンを用いた侵入防止策が急ピッチで進められています。
