文武両道を掲げる長岡商業高校は、部活動の活発さでも知られています。文化部では、全国商業高等学校協会主催の競技大会で上位入賞を果たす簿記部や情報処理部、地域イベントで演奏を披露する吹奏楽部などが熱心に活動しています。
運動部においては、過去に夏の甲子園出場経験を持つ伝統の野球部が現在も県大会上位進出を目指して日々白熱した練習を重ねています。公立の商業高校でありながら強豪私学に引けを取らない組織力と粘り強さを発揮し、地域ファンからの熱い声援を受け続けています。その他、バレーボール部や陸上競技部、バドミントン部なども活発に活動しており、充実した高校生活を送れる環境が整っています。
