生魚を食べた後に発症するアニサキス症には、主に「急性胃アニサキス症」と「急性腸アニサキス症」の2つのパターンが存在します。発症メカニズムは、単に虫が胃壁を噛む物理的な痛みではなく、虫体が分泌する分泌排泄抗原に対して宿主（人間）の免疫系が過剰反応を起こす激しい即時型アレルギー反応です。
- 急性胃アニサキス症：食後2時間〜8時間（長くても十数時間以内）で発症。みぞおちの差し込むような周期的な激痛、吐き気、嘔吐が特徴。全体の9割以上を占める。
- 急性腸アニサキス症：食後十数時間〜数日を経て発症。虫体が小腸や大腸に達して穿刺するため、下腹部痛や腹膜炎症状、場合によっては腸閉塞（イレウス）を引き起こす。
実際に感染被害に遭った患者の手記や医療現場での聞き取り調査では、その苦痛の凄まじさが生々しく語られています。「まるで胃の内側から熱した錐（きり）で何度も突き刺されるような激痛」「波が引いたかと思うと、数分後に脂汗が吹き出す痛みの波が押し寄せて一睡もできなかった」という証言が一般的です。
医療機関（消化器内科）での標準治療は、上部消化管内視鏡（胃カメラ）を用いた鉗子による虫体の物理的摘出です。医師が内視鏡の先端から伸ばした鉗子で、胃粘膜に頭部を突き刺しているアニサキスを摘み取った瞬間、あれほど苦しめられた激痛が嘘のようにスーッと消失します。この劇的な除痛効果こそが、物理的摘出が第一選択とされる最大の理由です。
さらに注意が必要なのは、過去に感染した経験がある人が魚を食べることで引き起こされるアニサキスアレルギーです。このアレルギーを獲得してしまうと、虫体を生きたまま摂取しなくても、加熱や冷凍によって完全に死滅したアニサキスの死骸や分泌抗原を口にしただけで、全身のじんましん、血圧低下、アナフィラキシーショックを発症する危険性があります。「火を通せばアレルギーまで消えるわけではない」という事実は、現代医学における重要な警告事項です。
