釣り場や磯遊びで見かけると、愛らしい姿からつい網ですくい取ったり飼育したくなったりするかもしれませんが、一般人がもじゃこを無許可で採取することは法令により厳格に禁止されています。
採取が禁じられている最大の理由は、もじゃこが日本の基幹水産業である「養殖ブリ産業の極めて重要な種苗（天然の稚魚資源）」として位置づけられているためです。無制限な乱獲を放置すれば、将来の成魚資源の枯渇だけでなく、年間数千億円規模に及ぶ養殖業界全体が崩壊しかねません。
そのため、水産庁および各都道府県の「海区漁業調整規則」に基づき、モジャコ漁は知事の特別許可を受けた専門の漁業者のみに限定されています。さらに、1隻ごとの操業期間、採捕数量の割り当て（TAC管理）、漁具の規格に至るまで厳正な統制下に置かれています。
【法的な位置づけと違反時の罰則】
一般人が無断でもじゃこを採取・捕獲した場合、都道府県の漁業調整規則違反または漁業法違反（無許可操業・密漁）に問われます。改正漁業法のもとでは密漁対策が大幅に強化されており、違反者には3年以下の拘禁刑または最高3,000万円以下の罰金（特定水産動植物に該当する場合など規定に応じた厳罰）をはじめとする厳しい刑事罰が科される可能性があります。「知らなかった」「子どもの自由研究のため」といった主観的な言い訳は法的に一切通用しません。
海辺でサビキ釣りなどを行っている際に偶然ハリにかかってしまった場合は、速やかに傷をつけないよう海へ再放流（リリース）するのが法的な観点からも正しい対応です。
