私立学校を検討する家庭にとって、学費面の負担は避けて通れないテーマです。同校では、優秀な生徒をサポートするための近江兄弟社高校の学費免除制度（奨学生制度・特待生制度）が用意されています。
制度は主に「学業特待」と「クラブ特待（スポーツ・文化）」に大別されます。学業特待では、入学試験の成績上位者や中学校での内申点基準を満たした生徒を対象に、入学金や授業料の全額・半額免除が適用されます。年次ごとの学業成績によって継続審査が行われますが、モチベーションを高く維持するきっかけとなっています。
クラブ特待は、強化指定クラブにおいて顕著な実績を残した生徒を対象としており、経済的な負担を抑えながら高いレベルで競技に打ち込める体制が敷かれています。
