東大と京大では、個別学力試験（2次試験）で測定しようとする能力のベクトルが根本から異なります。この入試傾向の違いこそが、両校の学生気質を決定づける最初の分岐点となっています。
東大の入試問題は、「膨大な情報量を制限時間内に正確かつ高速で処理し、論理的に要約・表現する力」を徹底して試します。文系数学・理系数学ともに小問の誘導が緻密であり、国語や英語も記述量が極めて多く、全科目にわたって穴のない完成度が求められます。
対する京大の入試問題は、「問題文の前提を深く読み解き、長時間の思考に耐えて独創的な解法を組み立てる力」を重視します。英語の超長文下線部和訳や自由英作文、数学のシンプルな問題設定から自分で方針を構築させる出題など、いわゆる「一芸特化型」の思考力が問われる構造です。
国公立大学の前期日程は同日実施となるため、両校を併願することは制度上不可能です。最難関とされる「東大理科三類」と「京大医学部（医学科）」の比較においては、東大理三が全国最難関の座を不動のものとしていますが、京大医学部も独自の難問奇問に対応できる最高峰の受験生が集結しており、難易度の優劣というよりも「入試問題との相性」で志望先を決める受験生が少なくありません。
