主人公・江戸川コナンの身体を小さくした毒薬「APTX4869」。開発者である灰原哀(宮野志保)やその両親が目指していたのは、本来は殺傷目的の毒薬ではなかった。組織が「夢の薬」と呼んだその薬品こそ、烏丸蓮耶の命を繋ぎとめる鍵である。
FBIの赤井秀一をはじめとする捜査官たちも、組織の狙いが単なる国際犯罪にとどまらないことを察知している。幼児化という現象は薬品の偶発的な「副作用」に過ぎず、本質は細胞の若返りと遺伝子レベルでの再生にあるのだ。コナンとFBIが解き明かそうとしているのは、まさに人類の禁忌に触れる科学の暴走に他ならない。