水戸葵陵高等学校の偏差値は、志望するコースによって大きく階層が分かれている点が特徴です。最難関に位置づけられる「特進医歯薬コース」は偏差値61〜63前後を誇り、国公立大学や医学部・薬学部への現役合格を明確な目標に据えています。続く「特進Vコース」は偏差値55〜58程度、部活動との両立や私立大学進学を主眼に置く「進学Vコース」は偏差値48〜52前後となっており、生徒の学力到達度や将来の進路目標に応じた受入態勢が整えられています。
入試倍率の推移を見ると、推薦入試および一般入試ともに茨城県央地区の私立高校として安定した志願者数を集めています。特に一般入試では公立高校併願の受験生が大量に出願するため見かけ上の倍率は落ち着いて見えますが、特待生区分の合格ラインは非常にシビアです。特待Sや特待Aといった学費全額・半額免除枠を狙う場合は、県立トップ校の合格圏に匹敵する得点力が求められます。