日本の統治機構において、住民に最も身近な行政を担うのが「地方自治法に基づく基礎自治体」である市町村です。日本の地方公共団体の定義は、広域行政を担う「都道府県」と、日常生活に直結するサービスを提供する「市町村」の二層制（重層構造）を基本としています。 日常生活で混同されやすいのが「市町村」と「市区町村」の用語の使い分けです。この2つの決定的な違いは、東京都にある「23区（特別区）」が含まれているかどうかにあります。
地方自治法第2条において、市町村は「普通地方公共団体」として明確に位置づけられています。一方で、東京23区は「特別地方公共団体」の中の「特別区」に分類されます。つまり、制度上の純粋な分類を指す場合は「市町村」、東京23区までを含めた住民生活の基礎単位全体を指す公的書類や統計では「市区町村」という表記が用いられます。
なお、政令指定都市（横浜市、大阪市、名古屋市など）に存在する「区」（行政区）は、独立した自治体ではありません。行政区はあくまで大都市の事務を効率的に処理するために市役所内部に置かれた支所に過ぎず、区長も公選ではなく市長に任命された一般職員です。この「特別区」と「行政区」の構造的差異こそが、行政組織を理解する最大のポイントです。
