日本版『劇場版シグナル 長期未解決事件捜査班』を鑑賞した観客の多くがパート3を熱望する最大の理由は、物語の根幹に関わる重大な謎が未解決のまま残されている点にあります。
具体的に回収されていない主要な伏線は以下の通りです。
- 大山巡査部長（北村一輝）の現在の居場所と生死の真相：過去の改変により死を回避したはずの大山が、なぜ現代の三枝（坂口健太郎）の前に直接姿を現さないのか。療養施設と思われる場所に潜伏していた真の目的は何なのか。
- 無線機が繋がるトリガーの法則性：夜23時23分に起動する無線機が、なぜ三枝と大山の2人を結びつけたのか。通信が終わる条件とメカニズムの全貌。
- 警察上層部と政界を巻き込む巨大な黒幕の残党：劇場版で暴かれたバイオテロ事件の背後にいた権力者たちの完全な断罪は完了しておらず、桜井美咲（吉瀬美智子）ら未解決班が立ち向かうべき巨悪が依然として残されている点。
これらの謎は映画単体では意図的に描き切られておらず、制作陣がさらなる続編（パート3）を視野に入れてプロットを設計していた証左と言えます。
