イオンモール水戸内原は、地上3階建ての本館と広大な平面・立体駐車場で構成されています。東西に長いレイアウトとなっており、東側（メインエントランス側）にイオンスタイル（総合スーパー）、西側にシネマコンプレックスや大型専門店が配置されているのが基本構造です。
1F：食とライフスタイルのメインフロア
1Fは日常の買い物から外食までを網羅する中核フロアです。東側の核店舗「イオンスタイル水戸内原」では生鮮食品やデリカが充実し、西側エリアには暮らしを彩る大型店舗が並びます。特に内原イオンの無印良品とユニクロの場所を探す際、無印良品は1F西側メインスクエア付近に位置し、生活雑貨や冷凍食品までフルラインナップを取り揃えています。また、同フロアの「レストラン街」には和洋中からビュッフェスタイルまで多彩な飲食店が集結しており、ランチ・ディナー帯を問わず賑わいを見せています。
2F：トレンドファッション＆大型専門店のフロア
2Fは世代を問わず楽しめるアパレルやライフスタイル雑貨が主軸です。トレンドを押さえたセレクトショップやカジュアルブランドが連なり、中央のエスカレーターを起点に効率よく買い回りができます。ユニクロやGUなどのファストファッション拠点へアクセスしやすく、家族連れやカップルでの買い物が最も集中しやすい階層です。
3F：エンタメ・巨大フードコート・キッズゾーン
3Fはアミューズメントとファミリー向けサービスが集約されたエンタメ空間です。西端には8スクリーンを備える「TOHOシネマズ水戸内原」が鎮座し、内原イオンの映画館の上映スケジュールに合わせて多くの映画ファンが訪れます。中央部に広がるのは、席数約1,000席を誇る巨大な「フードコート」。手軽に味わえるラーメン、うどん、ファストフード店がずらりと並び、週末のランチタイムは争奪戦となります。また、東側にはトイザらス・ベビーザらスをはじめとする大型キッズゾーンが広がり、ファミリー層の滞在時間が最も長いフロアです。
