一連の動向に対し、競技団体の側も静観を決め込むことはできなかった。日本水泳連盟や日本オリンピック委員会（JOC）は、代表候補であるトップアスリートのコンディショニングとコンプライアンスの観点から、重大な関心を寄せることとなった。
ドーピング検査への影響や、非科学的な施術による体調悪化のリスクを恐れた連盟側は、水面下で状況の把握に追われた。アスリートのプライベートや個人の信仰・選択にどこまで介入すべきか。スポーツ統括団体としての管理責任と、個人の尊重という難題の狭間で、関係者は対応に苦慮し続けた。
