物語を単なる勧善懲悪に終わらせない重要な要素が、秘密結社ギャラクターの存在感だ。地球の科学技術を凌駕する高度な巨大メカを操り、世界中を混乱に陥れる彼らの描写は、当時の特撮やアニメの常識を覆すリアルさと恐怖感を持っていた。
首領総総裁Xとその手下であるベルク・カッツェが繰り出す非道な作戦に対し、南部博士は科学忍者隊の能力と超科学兵器ゴッドフェニックスを駆使して対抗する。しかし、その裏には環境破壊、兵器の軍事利用、さらには敵側にも存在する人間の哀愁など、大人の鑑賞に堪えうる重厚なテーマが込められていた。
