熊本県内の私立中学校入試において、熊本学園大学付属中学校は真和中学校やマリスト学園中学校と並び、最上位層の受験生が集まる激戦区となっています。大手模試（四谷大塚・日能研・英進館等）の最新データによると、熊本学園大学付属中学校の偏差値は54〜57前後で推移しており、県内私立中高一貫校としてはトップ争いを演じるポジションです。さらに、生徒の多くが進学する熊本学園大学付属高校の偏差値は65前後と、公立トップの熊本高校や済々黌高校に匹敵する学力層を形成しています。
近年の実質倍率は、専願・奨学・一般入試を総合して1.5倍〜2.2倍程度で推移しています。特に学費免除や奨学金給付が受けられる「奨学入試」は、公立中高一貫校である玉名高校附属中や八代中学校、さらには県外難関校を併願するトップ層が腕試しを兼ねて集中するため、実質倍率が跳ね上がる傾向が見られます。
2026年度入試においても、例年通り1月上旬から中旬にかけて出願受付および筆記試験が実施される過密日程となっています。専願入試では基礎学力と明確な志望動機、面接での受け答えが厳しく評価される一方、奨学・一般入試では思考力・記述力を問う高難度の出題が合否を左右します。
