ネットミームとして「アイエエエ」「実際安い」といった単語だけを知っている層からは、「ニンジャスレイヤーは単なるギャグ作品やネタコンテンツではないのか」という誤解を受けがちです。しかし、これは作品の真価を見誤る重大な盲点です。
本作のストーリーテリングは、極めてクラシックかつ正統派のハードボイルド小説の作法に則っています。冷徹な都市の暗部、暴力に抗う無力な市民の抵抗、仲間との絆と別れ、そして主人公フジキドの内面に渦巻く「復讐の虚しさ」と「人間性の回復」という普遍的なテーマが、重厚な筆致で描かれます。
また、緻密に練り上げられた「ニンジャ神話」の独自設定も見逃せません。古代日本の歴史の裏には常にニンジャが存在したという壮大な伝奇SF的構造や、仏教・神道・オカルティズムがサイバーパンクガジェットと融合した世界観は、学術的なSFファンをも唸らせる深みを持っています。「ミームとしての面白さ」は入り口に過ぎず、その奥には極上のサイバーパンク文学が横たわっています。