嵯峨野高校の真価を物語るのが、難関国公立大学への高い現役進学率です。嵯峨野高校の進学実績（2026年最新動向）において、看板となる嵯峨野高校の京大合格者数は毎年20〜30名前後を安定して輩出しており、京都大学・大阪大学・神戸大学の京阪神難関3大学合計では毎年80名近くが合格を勝ち取っています。
特に特筆すべきは、国公立大学医学部医学科や薬学部への強さです。文部科学省から継続指定を受けているスーパーサイエンスハイスクール（SSH）としての実績が、単なる大学受験テクニックにとどまらない「本格的な学問的素養」を生徒に定着させています。大学入試改革に伴い激変した総合型選抜や学校推薦型選抜においても、校内で実施される探究論文の質の高さが強力な武器となり、難関大への推薦合格枠を多数獲得しています。
私立大学の実績においても、同志社大学、立命館大学の「関関同立」に毎年延べ200名〜300名以上の合格者を出し、早慶上理への進学者も着実に数を維持しています。普通科からも地方国公立大学や有名私立大学への進学者が多数出ており、こすもす科だけでなく学校全体に進学重視の学習意欲が浸透していることが窺えます。
