物語は、スリの少年・晴太が坂田銀時の財布を狙った些細な事件から幕を開けます。晴太の目的は、吉原桃源郷の最高太夫であり、生き別れた母だと信じる「日輪」を身請けするための大金を集めることでした。しかし、吉原は幕府すら手を出せない治外法権の地下都市であり、宇宙最強の戦闘民族・夜兎族の巨頭である夜王鳳仙が絶対的な支配者として君臨していました。
銀時たちは晴太の願いを叶えるため吉原へ潜入。吉原の自警団「百華」の頭領である死神太夫・月詠と出会います。月詠はかつて日輪に命を救われ、自らの顔に傷をつけて女を捨て、日輪と吉原の女たちを影から守り続けていました。晴太の純粋な思いと銀時たちの覚悟に触れた月詠は、体制への反逆を決意し、万事屋と共闘の道を歩み始めます。
物語の核心となるのは、晴太の出生の秘密です。日輪は晴太の実の母親ではなく、吉原から逃亡を図り命を落とした別の遊女の子でした。日輪は追手からその赤子を逃がし、自らの足の腱を切られ幽閉されながらも、晴太がいつか太陽の下で生きていけることだけを願い続けていたのです。血縁を超えた絆を知った万事屋一行は、吉原に本当の太陽を取り戻すため、鳳仙との最終決戦へと突き進みます。
