この二つの施設を隔てる最大の要素は、信奉する宗教の成り立ちです。神道と仏教の違いをわかりやすく整理すると、「自然への畏敬」か「自己の解脱（悟り）」かという目的の差に行き着きます。
神社が基盤とする「神道」は、日本列島で古代から育まれてきた土着の信仰です。山、川、岩、木、風などあらゆる森羅万象に神が宿ると捉える「八百万（やおよろず）の神」の思想であり、教祖もいなければ聖書のような唯一絶対の教典も持ちません。「命の恵みに感謝し、生命力を更新する」ことが主眼となります。
これに対し、寺院が掲げる「仏教」は、紀元前5世紀頃のインドで釈迦（ゴータマ・シッダールタ）が開いた外来の宗教です。中国や朝鮮半島を経て6世紀半ばに日本へと伝来しました。仏教の目的は、この世の苦しみから脱却し、正しい修行と実践を通じて「悟りを開くこと（成仏）」にあります。経典が存在し、宗派ごとに体系化された論理と教義が存在するのが特徴です。
仕える人物の呼称も異なります。神社を守り神事を取り仕切るのは「神主（宮司・禰宜）」であり、神と人との仲介役を務めます。一方、寺院で仏道に励み教えを説くのは「住職（僧侶・お坊さん）」であり、仏教の教義に沿って修行を重ねる実践者という位置づけになります。
