鹿の子台小学校を卒業した児童の大多数は、隣接する指定校である神戸市立北神戸中学校へと進学します。北神戸中学校も部活動や学習指導に定評があり、中学校ブロック内での小中一貫した指導連携がスムーズに機能しています。
一方で、近隣の私立・国立中学校への受験を選択する家庭も一定数存在します。神戸市内や三田市方面の有名私立中（三田学園中学校や甲陽学院中学校、関西学院中学部など）への鹿の子台小学校の進学実績・受験率も底堅く、教育意識の高い家庭が集まるエリアならではの選択肢の広さが見られます。公立進学・私立受験のどちらを選んでも孤立することのない、バランスの良い学習文化が根付いています。
