聖天堂での参拝を終えたら、背後にそびえる生駒山の懐深くへと続く奥の院ルートへ足を伸ばすことを強く推奨します。聖天堂から奥の院までは、鬱蒼とした杉木立と数千体の地蔵尊、苔むした石灯籠に囲まれた石段が約15分〜20分ほど続きます。
石段の登り口左手に見上げる巨大な岩壁は「般若窟（はんにゃくつ）」と呼ばれ、役行者（えんのぎょうじゃ）や弘法大師空海、そして湛海律師が命がけの荒行に挑んだ根本霊場です。断崖絶壁の中央には弥勒菩薩像が祀られており、その圧倒的な景観は修験道の聖地たる迫力を今に伝えています。
参道を登る途上には、端正な姿を誇る「多宝塔」や、知恵を授ける「文殊堂」、開山・湛海律師を祀る重厚な「開山堂」が点在します。静寂が支配する石段を登りきると、山頂付近に佇む奥の院本堂へと到達します。ここには開運福徳を司る大黒天が祀られており、本堂・聖天堂・奥の院の三位一体を巡ることで、参拝の功徳は完成します。
