本千葉駅を利用する上で最も把握しておくべきなのが、快速列車の停車ルールです。駅構内の時刻表を見ると「快速」の文字が並んでいますが、運行ルートによって停車可否が明確に分かれています。
総武線快速から直通してくる「総武快速（横須賀線直通を含む）」は、基本的に本千葉駅に全列車が停車します。東京駅や品川駅、横浜方面へ乗り換えなしでアクセスできるため、朝の上り通勤ラッシュや夜間の帰宅時間帯には極めて利便性の高い移動手段となっています。
しかし、注意が必要なのが京葉線直通の快速・通勤快速です。東京〜蘇我〜外房線・内房線を結ぶ京葉線直通列車は、本千葉駅を経由しない別ルート（蘇我駅から京葉線へ直接分岐）を走るため、本千葉駅のホームには入線しません。東京方面へ向かう際、京葉線経由を使いたい場合は蘇我駅または千葉駅での乗り換えが必要です。
また、近年のダイヤ改正によって日中時間帯の運行間隔が適正化され、内房線・外房線ともに1時間あたり概ね各2〜3本（合計5〜6本）の運行本数が確保されています。等間隔で列車がやってくる時間帯と、10分以上間隔が開く時間帯があるため、乗車前の時刻確認が欠かせません。
