除菌治療を開始した患者がインターネットの質問掲示板やSNS上で最も多く吐露する苦悩が、「服用2〜3日目から始まる激しい下痢と口の中の苦味」です。「胃がん予防のために始めたのに、お腹を下して日常生活がままならない」「口内が常に金属を舐めているような苦味で食事の味が全くしない」といった生々しい体験談が日々投稿されています。
これらの副作用は、薬剤がしっかりと体内で作用している証左でもあります。クラリスロマイシンなどの抗菌薬はピロリ菌のみを選択的に攻撃するわけではなく、腸内に共生している善玉菌を含む腸内細菌叢（腸内フローラ）にも甚大な影響を与えます。腸内フローラのバランスが一時的に崩壊することで水分吸収がうまく機能しなくなり、約10〜30%の受診者に軟便や下痢が発現します。また、薬の成分が唾液中に分泌されることや舌の味覚受容体に影響を及ぼすことで、特有の金属味や強い苦味（味覚障害）が生じます。
現場の内科医が最も危惧するのは、これらの不快感に耐えかねて患者が自己判断で内服を中断してしまうケースです。「下痢が辛いから1回分スキップした」「味が耐えられないから2日早く飲むのをやめた」という行為こそが、除菌失敗の最大の温床となります。中途半端な内服はピロリ菌を生き残らせるだけでなく、抗菌薬に対する耐性を獲得させ、次回以降の除菌治療を極めて困難にしてしまいます。
万が一、飲み忘れが発生した場合の対処法として、日本ヘリコバクター学会の指導基準では「気づいた時点で直ちに1回分を内服し、次回の内服時間が近い場合は1回飛ばして次回から再開する（決して2回分を一度に飲まない）」ことが鉄則とされています。下痢がつらい場合は、自己判断で市販の強力な下痢止め（ロペラミド等）を乱用せず、消化の良い白粥やうどん、常温の経口補水液を中心とした食事に切り替え、主治医へ連絡して整腸剤（ビオスリーやミヤBMなど、抗菌薬に耐性を持つ製剤）の追加処方を仰ぐのが最も安全な打開策です。
