マイクロバイオームの主戦場は大腸ですが、外界と接触するすべての境界組織――皮膚や口腔、呼吸器、生殖器にもそれぞれ独自の生態系が形成されています。
美容医療やスキンケア領域で関心を集める「肌マイクロバイオーム」において、いわゆる美肌菌の代表格とされるのが表皮ブドウ球菌です。表皮ブドウ球菌は皮脂や汗を分解してグリセリンや脂肪酸を作り出し、皮膚表面を弱酸性（pH4.5〜5.5）に保つことで、黄色ブドウ球菌などの病原菌の増殖をブロックします。しかし、過度な界面活性剤による洗顔、過剰なアルコール消毒、剥離力の強いピーリングを繰り返すと、この常在菌バランスが不可逆的に破壊される「ディスバイオシス（菌叢破綻）」が引き起こされます。近年の皮膚科学では、ニキビやアトピー性皮膚炎の難治化は、単一の菌の繁殖ではなく、マイクロバイオームの多様性の極端な低下が根底にあると結論づけられています。
さらに深刻な全身への影響を及ぼすのが「口腔マイクロバイオーム」です。口内には700種以上の細菌が生息していますが、歯周病菌の代表であるPorphyromonas gingivalis（ジンジバリス菌）やその毒素（LPS）が微小血管から血流に漏出すると、慢性的な微小炎症が全身へ拡散します。
近年の疫学調査および病理解析において、口腔マイクロバイオームの乱れが引き起こす全身疾患リスクは以下の通り具体的に特定されています。
- 動脈硬化・心血管疾患：血流に乗った歯周病菌が血管内皮細胞を傷害し、プラークの不安定化を誘発。
- 2型糖尿病の悪化：放出された炎症性サイトカイン（TNF-α）がインスリン抵抗性を高め、血糖コントロールを阻害。
- アルツハイマー病との相関：亡くなった認知症患者の脳組織からジンジバリス菌由来のリポ多糖や毒性酵素（ジンジパイン）が検出され、アミロイドβの異常蓄積を促す引き金として学会で激しい議論が交わされている。
