展示を巡った後は、館内2階にある「cafe縞（カフェシマ）」でのひと休みが外せません。水月湖に向かって大きく開かれたガラス張りのカウンター席からは、四季折々に表情を変える三方五湖のパノラマビューが広がり、時間を忘れて寛げる人気スポットとなっています。
カフェの看板メニューは、年縞の地層をモチーフに美しく何層もの具材を重ねた「年縞SAND（サンドイッチ）」や、地元の厳選素材を層状に仕立てた「年縞パフェ」です。ハンドドリップで丁寧に淹れられるオリジナルブレンドコーヒーとともに味わうスイーツは、見た目のユニークさだけでなく本格的なクオリティを誇ります。
また、博物館周辺のランチスポットとしては、若狭湾と三方五湖がもたらす豊富な海の幸・湖の幸が充実しています。近隣の食事処では、名物の「三方五湖の天然・養殖うなぎの蒲焼き重」や、若狭湾で水揚げされた新鮮な魚介をふんだんに盛り付けた「海鮮丼」、冬季から春先にかけては「若狭ふぐ料理」など、福井・若狭ならではの贅沢なご当地ランチを堪能できます。
