「1機しかないなら、故障や整備のたびに全便欠航になるのでは？」という疑問は、ネット上で最も頻繁に囁かれる誤解の一つです。しかし、実際の就航率は97〜98%前後という高い水準を維持しています。
確かに天草エアライン欠航理由の大半は、台風や濃霧といった自然現象による不可抗力です。では、年に一度訪れる定期重整備（ドック入り）期間はどうしているのでしょうか。その答えが、JALグループ傘下の日本エアコミューター（JAC）との機材共通化協定です。
天草エアラインとJACは同じATR42-600型機を導入しており、みぞか号が重整備に入る期間はJACから予備機材と乗務員をチャーターし、代替運航（共通事業機運用）を実施しています。さらに、全路線で天草エアラインJALコードシェアを展開しているため、万が一の機材トラブル発生時にも、JALの予約・振替ネットワークを通じた手厚いサポートを受けることが可能です。「孤立無援の1機体制」ではなく、大手のアライアンス網を巧みに組み込んだ強固なリカバリーインフラが整備されています。
