日帰り利用のイメージが強い同館ですが、実は「リーズナブルに泊まれる宿」としての機能も極めて優秀です。万葉の湯 秦野での宿泊には、大きく分けて「リラックスルーム（仮眠室）での深夜滞在」と「プライベート客室（ホテルタイプ）の予約宿泊」の2つの選択肢が存在します。
最も手軽なのは、マル得セット入館料に万葉の湯 秦野の深夜料金（深夜3:00以降に滞在すると自動加算されるシステム）を組み合わせるスタイルです。3階・4階に配置されたリラックスルームには、個別のパーソナルテレビと読書灯を備えたリクライニングチェアが多数並び、薄暗く保たれた静寂な空間で朝9:00まで仮眠をとることができます。女性専用のリラックスルームも完備されているため、女性のひとり旅でも防犯面で不安を感じることなく休めます。
一方、よりプライベートな睡眠環境を求める方向けに、和室や洋室の「専用客室」も用意されています。客室プランを利用すれば、周りの物音を気にせずベッドや布団で熟睡でき、チェックアウトまで温泉を何度でも利用可能です。丹沢登山の前泊・後泊や、東名高速道路秦野中井IC至近の立地を活かしたドライブ旅行の拠点として重宝されています。
ただし、利用にあたって注意したいのが曜日による万葉の湯 秦野の混雑状況です。土曜日の夜や大型連休（GW・お盆・年末年始）は、23時を過ぎるとリラックスルームの空きリクライニングシートが埋まりやすくなります。深夜到着でリクライニングが満席の場合、お休み処の畳スペースでの雑魚寝を余儀なくされることもあるため、週末にしっかり睡眠を取りたい場合は、事前予約が可能な客室宿泊プランを確保しておくのが確実です。
