一部の週刊誌等で「芸能人枠での推薦ではないか」といった根拠のない臆測が流れたこともありましたが、慶應義塾の内部進学システムを知る教育関係者の間では、その実力が本物であることは周知の事実です。慶應義塾女子高等学校には芸能活動に対する特別枠など一切存在せず、全員が同一基準の成績評価（内申点）で競い合います。
高校関係者からの証言によると、芦田愛菜さんの高校時代の成績は学内でも上位クラスを維持していました。特に国語や英語、歴史科目における理解力と論理的記述力は抜きんでており、多忙な撮影スケジュールの移動中や控室でも分厚い参考書を開いて予習復習を欠かさなかったと伝えられています。
定期試験の前には芸能活動を意図的にセーブし、試験対策に専念するストイックさを見せていました。慶應法学部政治学科の推薦枠も女子高内では非常に人気が高く、評定平均で高い水準を満たしていなければ獲得できません。彼女は名実ともに「自らのペンと努力」でこの進路を勝ち取りました。
