2004年、水野真紀は当時衆議院議員であった後藤田正純氏(現・徳島県知事)と結婚しました。政界のサラブレッドとトップ女優のゴールインは、当時各メディアで「大物カップル誕生」として大々的に報じられました。
結婚生活においては、時に夫を巡る週刊誌報道や政治活動の波乱にも直面しましたが、水野真紀は公の場において常に冷静かつ品格ある対応を貫いてきました。地元・徳島での後援会活動を献身的に支えつつも、自らのタレント活動やレギュラー番組を決して手放さず、「夫に依存しない個としてのアイデンティティ」を維持し続けた姿勢は、現代の女性たちからも高く評価されています。
2023年に後藤田氏が徳島県知事選に当選して以降も、過度に出しゃばることなく、知事夫人としての役割と自身の芸能・教育活動をバランス良く両立させています。