私立中高一貫校を検討するにあたり、最も現実的な関心事となるのが学費の総額です。同志社中学校・高等学校の納付金体系は以下の通りとなっています。
中学校の初年度納入金(入学金、授業料、教育充実費、諸会費等)の合計は約110万〜120万円です。2年次・3年次の年間学費は約85万〜95万円となり、中学校3年間の学費総額はおよそ300万円前後となります。高校へ内部進学する際にも所定の手続き費用が発生し、高校3年間の学費を含めると、中高6年間の学納金総額は約550万〜600万円に達します。
これに加えて、修学旅行積立金や教材費、私服通学に伴う衣類代、任意の留学プログラム参加費などが加わるため、関西圏の私立中高一貫校の相場としては標準的からやや上位に位置する水準と言えます。