相棒への愛着を極限まで高める要素が「色違い」の存在です。歴代御三家には通常色とは劇的に印象が変わる秀逸なカラーリングが多数存在し、コレクターの間で高い取引価値やステータスを持っています。
特に人気の高い歴代御三家色違いの代表例：
・リザードン：鮮やかなオレンジから漆黒のボディへと変化する「黒リザードン」は全ポケモン屈指の人気。
・ゲッコウガ：青から漆黒の忍び装束へと染まり、舌のマフラーが赤く際立つ究極のデザイン。
・マスカーニャ：ピンクと紫を基調とした妖艶で華やかなカラーリングへ変化。
・アシレーヌ：白髪とエメラルドグリーンの尾びれになり、人魚姫の幻想感が増す美しさ。
近年の作品における色違い厳選は、初代のようにゲーム開始時のリセットを何千回も繰り返す必要はありません。スカーレット・バイオレットでは、「かがやきパワーLv3」のサンドウィッチ作成と大量発生を利用することで、フィールド上で効率的に色違い御三家を捕獲可能となりました。また、国際孵化（マスカット法）を併用することで、理想のオシャボ（オシャレボール）に入った色違い個体を育成するのが現代のスタンダードです。
