混乱を極める原城本丸で天草四郎を討ち取ったのは、肥後熊本藩（細川家）の武士である陣内甚兵衛でした。乱戦のなか、甚兵衛は並の武士とは異なる気品とただならぬ気迫をまとった少年武将と槍を合わせ、激闘の末に首級をあげました。
当時、四郎は幕府軍から「妖術を使う神童」と恐れられており、その容貌を正確に知る幕府の武士は城内に一人もいませんでした。甚兵衛自身も討ち取った瞬間は「身なりの良い敵の少年武将」と認識していたに過ぎず、この首級が乱の最高指導者・天草四郎のものであるかどうかは、その後の検証に委ねられることになります。
