園部小学校を卒業した児童の大多数は、隣接エリアにある南丹市立園部中学校へ進学します。南丹市では義務教育9年間を見据えた小中一貫教育の連携強化を重点施策として位置づけており、教員間の授業研究交流や小中合同のあいさつ運動、中学校教員による出前授業などが定期的に実施されています。
小学校から中学校へ進学する際、環境や学習負荷の急変によって不適応を起こす「中1ギャップ」が全国的な教育課題となるなか、園部小・園部中の緊密な連携はこのリスクを大幅に低減させています。6年生段階で中学校の部活動見学や体験授業が組み込まれており、進学に対する不安を解消しやすい仕組みが整っています。
さらに園部町内には、京都府立の中高一貫校である京都府立園部中学校・高等学校が立地しています。公立中高一貫校の受検を選択する家庭にとっても、地元でハイレベルな中等教育を選択肢に入れられるという、地方都市としては極めて恵まれた進路選択の幅が存在します。
