「お腹の赤ちゃんに薬やワクチンが移行して、奇形や発育不全を引き起こすのではないか」という不安は、すべての母親にとって当然の感情です。しかし、日本産婦人科学会や厚生労働省、世界保健機関（WHO）をはじめとする世界の主要医療機関は、一貫して妊婦へのインフルエンザ不活化ワクチン接種を強く推奨しています。
日本国内で接種されているインフルエンザワクチンは、病原性を完全に無くした「不活化ワクチン」です。生ワクチンのように体内でウイルスが増殖することは構造上あり得ないため、ワクチンそのものが胎盤を通過して胎児に感染する危険性はありません。
数十万人規模を対象とした国内外の大規模コホート研究においても、妊娠中にワクチンを接種した群と非接種群を比較した結果、胎児の先天異常（奇形）、流産、死産、早産、低出生体重児の発生率に有意な差は認められないことが実証されています。むしろ、母体がインフルエンザに感染して40度近い高熱を出した場合のほうが、熱による胎児ストレスや切迫早産のリスクを高める要因となります。
