防衛医大を卒業すると、医師国家試験の合格を経て、防衛省の医官（幹部自衛官である医師）として任官する。高い合格率を誇る国家試験をパスした後は、自衛隊中央病院をはじめとする全国の自衛隊病院や部隊で臨床研修および医療業務に従事することになる。
ただし、知っておくべき重要な条件が存在する。卒業後9年間は自衛隊の医官として勤務する義務があり、この期間中に途中で退職する場合は、在学中に支給された経費の全部または一部（償還金）を返還しなければならない。有事や災害派遣での医療救護活動も担うため、医師としての高い技術だけでなく、自衛官としての使命感と覚悟が不可欠となる。
