移動コストと支払い方法の実態を押さえておくことは、混雑時の乗降をスムーズにする上で極めて重要です。新潟駅から佐渡汽船ターミナルまでの新潟駅佐渡汽船運賃は、大人片道260円（小児130円）に設定されています。
キャッシュレス決済に関しては、地域独自ICカード「りゅーと」に加えて、新潟駅佐渡汽船Suica利用をはじめとする全国相互利用対象の交通系ICカード（PASMO、ICOCA、Kitaca、manaca、TOICA、SUGOCA、nimoca、はやかけん）がそのまま利用可能です。降車口のリーダーにタッチするだけで精算が完了するため、小銭を用意する手間はかかりません。
運行時間帯については、新潟駅佐渡汽船始発最終のダイヤ設計が船便と密接に連携しています。朝の始発便は早朝6時台の第1便フェリーやジェットフォイルに接続するよう設定され、最終便も夜間の最終到着便（20時台前後）に合わせて新潟駅行きが運行されています。特に高速船と連動するジェットフォイル接続バスは、主要な新幹線発着時刻から適度なインターバルで組まれており、佐渡汽船シャトルバス時刻表を確認しながら行動すれば、無駄な待ち時間を最小限に抑えられます。
