開邦高校の真価が最も問われるのが、大学受験における「出口実績」です。長年にわたり、私立の昭和薬科大学附属高校とともに沖縄県の進学実績を牽引してきた同校ですが、近年の中高一貫1期生以降の卒業生輩出によって、その傾向にはさらなる深化が見られます。
特筆すべきは、琉球大学医学部医学科への合格実績です。地元志向が強く、かつ最難関とされる琉大医学部において、開邦高校は毎年二桁規模の合格者をコンスタントに輩出しています。また、東京大学・京都大学をはじめとする旧帝国大学や、早稲田大学・慶應義塾大学といった最難関私立大学への現役合格率の高さも県内公立校の中で突出しています。
地元教育関係者の取材によると、開邦高校の進学実績を支えているのは、単なる詰め込み教育ではありません。「学術探究」に代表される課題研究やプレゼンテーション、ハイレベルな探究型授業によって培われた思考力が、近年の大学入試共通テストや個別学力検査(2次試験)の総合型・学校推薦型選抜において極めて有利に働いていると分析されています。