桜島フェリーを利用する上で、旅行者が最も混乱するのが桜島フェリー支払い方法と改札の仕組みです。鹿児島市船舶局が運営するこの航路は、国内の公共交通機関としては極めて珍しい「桜島港側での一括収受方式」を採用しています。すなわち、鹿児島港側には旅客用・車両用ともに料金収受ゲートが存在せず、すべての支払いは桜島港フェリーターミナルで行われます。
鹿児島港から乗船する場合、切符を買わずにそのままボーディングブリッジを通って乗船し、船が桜島港に到着した後の下船口（料金所ゲート）で運賃を支払います。逆に桜島から鹿児島市街へ向かう場合は、桜島港フェリーターミナルの乗船口手前に設置された改札機または料金所で先に支払いを済ませてから乗船します。「行きも帰りも、お金を払うのは常に桜島港側」という原則を把握しておかないと、鹿児島港の待合所で無駄に券売機を探し回り、目前の船を乗り逃す事態に陥ります。
航路の基本スペックとして、鹿児島港桜島所要時間は片道約15分、営業距離は約3.5キロメートルです。最大の強みは、旅客・一般車両ともに桜島フェリー予約不要で随時乗船できる利便性にあります。さらに、日本国内でも数少なくなった桜島フェリー深夜運航を維持しており、終夜体制で運航が途切れることはありません。深夜時間帯（22時台〜翌朝5時台）は約1時間間隔に減便されるものの、急な移動や夜間のドライブでも確実に海上を横断できます。
