材料のリスト自体は似通っているが、その配合比率には大きな隔たりがある。バスクチーズケーキは、生クリームの含有量が圧倒的に多い。ずっしりとした重厚感を出すベイクドチーズケーキが小麦粉などの凝固剤を少量使うのに対し、バスク風は小麦粉を極限まで減らす（あるいは一切使わない）ことで、あの滑らかな液体感を維持している。
また、ベイクドチーズケーキにはレモン汁を加えて爽やかな酸味をプラスすることが多いが、バスクチーズケーキはチーズそのものの濃厚さとコク、そして焦げの香ばしさを前面に押し出すため、酸味を抑える傾向にある。この味の設計思想の違いが、一口食べたときの満足感の違いに直結している。
