初めて同センターを訪れる人が最も陥りやすい落とし穴が「キャンパス内の移動ルート」と「移動手段」です。赤門周辺は歴史的建造物が密集しており、最寄り駅の出口選びを誤ると広大な敷地内で迷走することになります。
伊藤国際学術研究センターアクセスの基本は、東京メトロ丸ノ内線・都営大江戸線の「本郷三丁目駅」です。駅から本郷通りを北へ進み、徒歩約3〜5分。東大のシンボルである「赤門」の手前右側にセンターの入口が見えてきます。南北線の「東大前駅」や千代田線の「根津駅」からもアクセス可能ですが、いずれも徒歩10〜15分程度を要するため、遠方からの来訪者には本郷三丁目駅の利用を強く推奨します。
もう一つの決定的な盲点が、伊藤国際学術研究センター駐車場の利用制限です。大学の環境保全およびセキュリティ管理の観点から、一般来館者用の駐車場は原則として用意されていません。車椅子利用者などのバリアフリー申請車両や、機材搬入を行う指定業者を除き、一般の乗用車で構内に乗り入れることは不可能です。自動車で来訪する場合は、本郷通り沿いや春日通り周辺の有料コインパーキングを自前で確保する必要がありますが、平日の日中は満車率が極めて高いため、公共交通機関を利用するのが最も賢明な選択です。