東横INN琵琶湖線南草津駅西口を利用する際、車移動の出張者や旅行者が最も留意すべき要素が駐車場の運用ルールと料金システムです。ホテルの敷地内には平置き駐車場が用意されていますが、収容台数は約数十台規模に限定されており、「完全先着順（予約不可）」での案内となっています。
近隣の産業団地や研究施設への出張者が集中する平日火〜木曜日や、紅葉・桜シーズンの週末は、17時〜18時前後に敷地内駐車場が満車となるケースが珍しくありません。万が一満車となった場合は駅西口・東口周辺の提携外コインパーキング（24時間最大料金800円〜1,200円程度）を利用することになるため、車で来館予定の方は早めのチェックインを目指すか、近隣パーキングの位置を事前に頭に入れておく必要があります。
また、宿泊予約および滞在スケジュールの最適化において知っておくべき公式ルールは以下の通りです。
- 東横イン南草津のチェックイン時間：通常は16:00〜（東横INNクラブカード会員は15:00〜のアーリーチェックインが可能）
- チェックアウト時間：全日10:00まで
- 東横インの会員割引・キャンセル料：公式Web予約なら会員割引（最大手取り還元）が適用。キャンセル料は原則として当日16:00以降または不泊時に100%発生（プラン規定により異なる場合あり）
- 予約と空室管理：週末や連休前は早期に埋まる傾向が強いため、公式アプリを活用した空室アラートや直前キャンセル枠の監視が有効
