参拝の証として集める愛好家が増えている瀬田玉川神社の御朱印は、その洗練された筆致と意匠の美しさで高い人気を誇ります。通常の御朱印（初穂料500円）に加えて、四季折々の草花や神事、月ごとの風物詩をあしらった「季節限定御朱印」や、切り絵・透かしを取り入れた特別限定御朱印が定期的に頒布されています。
神社務所によると、正月三が日や秋の例大祭、新緑や紅葉の時期には、それぞれ特別な朱印や用紙が用意されます。特に秋晴れの空に映える限定デザインは、頒布開始と同時にSNSで大きな話題を呼び、遠方から足を運ぶ参拝者も少なくありません。
また、瀬田玉川神社のお守りの種類も充実しています。日本武尊の神威が込められた「勝守」や「厄除守」はもちろん、交通安全、学業成就、健康長寿、安産祈願まで多彩な神札・授与品が揃っています。近年は、落ち着いた色調で日常のバッグやポーチに馴染みやすい小ぶりのお守りや、清廉な白と金糸をあしらったレース調のお守りが女性を中心に選ばれています。
