更新窓口で最も多いトラブルが暗証番号の失念です。数年間入力していないと忘れてしまうケースが目立ちますが、窓口でマイナンバーカードを提示して本人確認ができれば、その場で暗証番号の再設定（初期化）を行ってから更新手続きへと移ることができます。事前の電話問い合わせなどは不要です。
本人が病気や身体の障害などのやむを得ない事情で窓口へ行けない場合に限り、マイナンバーカード更新の代理人申請が認められています。ただし、代理人手続きは即日完了しないケースがあるため注意が必要です。有効期限通知書に同封されている「照会書兼回答書」に本人が必要事項と暗証番号を記入し、同封の封筒で封かんしたものを代理人が持参します。窓口職員が暗証番号を代理人に代わって入力することで、委任関係と秘密保持を両立させる厳格な運用が取られています。
