エビオス錠は、厚生労働省が定める品質基準をクリアした「指定医薬部外品」である。医薬品に比べて作用が穏やかで安全性が高いものの、適切な用法・用量を守ることが大前提となる。成人（15歳以上）の標準的な服用量は1回10錠、1日3回（計30錠）と定められている。
「寝る前に飲むと良い」という話題が先行するあまり、一度に大量の粒を摂取するような極端な使い方は避けなければならない。夜に飲む場合でも、1回分の規定量（10錠）をしっかりとした量の水、またはぬるま湯とともに流し込むのが基本だ。水分量が不足すると胃の中で酵母がスムーズに拡散せず、本来の消化サポート能力を発揮しにくくなる。
