尾瀬観光において、最も根深い誤解の1つが唱歌『夏の思い出』の歌詞「夏が来れば思い出す はるかな尾瀬 遠い空 水芭蕉の花が咲いている」に由来する訪問タイミングの誤認です。学校教育などを通じて刷り込まれたこのフレーズから、7月や8月の夏休みに水芭蕉を見に行こうとする観光客が後を絶ちません。
しかし、真夏の尾瀬に咲いている水芭蕉は、花（苞）が落ち、葉が長さ1メートル近くまで巨大化した通称「オバケ水芭蕉」です。瑞々しく清楚な白い姿は跡形もなく、青々とした巨大な草が湿原を覆い尽くしている光景に直面し、呆然とする旅行者も少なくありません。歌作の背景となったのは、暦のうえでの「初夏（立夏・5月上旬〜6月上旬）」であり、現代の猛暑の夏ではないという事実を認識しておく必要があります。
さらに植物学的な盲点として、一般に「花」と認識されている純白の舟形部分は、葉が変形した「仏炎苞（ぶつえんほう）」と呼ばれる保護組織です。真の花は、中央の円柱状に密集した無数の黄色い粒々です。この仏炎苞は霜に非常に弱く、5月下旬の寒波で遅霜が降りると、一夜にして茶色く変色して枯死してしまう繊細さを持っています。
また近年、湿原の生態系において看過できない深刻な問題が浮上しています。ニホンジカの生息域拡大による食害と、それに伴う植生の変化です。環境省や福島・群馬・新潟各県の対策班による防鹿柵（ぼうろくさく）の設置や個体数調整が進められていますが、かつての一面を埋め尽くすような大群生が局所的に減少しているエリアもあります。
加えて警戒を要するのが、尾瀬国立公園ツキノワグマ目撃情報の増加です。春先のミズバショウは、冬眠から目覚めたクマにとってタンパク質やミネラルを豊富に含む貴重な栄養源（整腸剤の役割を果たすとも言われる）となります。湿原の木道のすぐ脇でクマがミズバショウを貪り食う姿が目撃されることも珍しくありません。野生生物のテリトリーに人間がお邪魔しているという「心理的・物理的バウンダリー（境界線）」を意識し、熊鈴の携行や早朝・夕方の単独行動自粛といった自己防衛が不可欠です。
