コウモリのフン被害で最も恐ろしいのは、見た目の不快感や異臭だけでなく、目に見えない感染症リスクと病気の媒介です。海外では狂犬病などの危険性が知られていますが、日本国内においても決して安全ではありません。
乾燥したフンが砕けると微粒子となって空気中を漂います。これを無防備に吸い込むと、肺にカビが定着して発熱や激しい咳を引き起こすヒストプラズマ症に類似した呼吸器疾患や、サルモネラ菌などによる急性胃腸炎を発症するリスクが高まります。また、コウモリの体表やフンにはコウモリトコジラミやコウモリダニといった吸血性の寄生虫が大量に潜んでおり、これらが室内に侵入すると激しい皮膚の痒みやアレルギー反応を引き起こすケースが相次いでいます。
さらに、フンが堆積すると強いアンモニア臭が住環境を損なうだけでなく、尿とともに建材へ染み込んで天井板を腐食させ、最悪の場合は天井が抜け落ちる二次被害に発展します。「たかが数粒のフン」と放置しておくことは、病原菌と寄生虫を自宅に招き入れているのと同義です。