当時の財務省理財局長であった佐川宣寿氏は、国会で「交渉記録は廃棄した」と虚偽の答弁を繰り返し、疑惑の火消しを図った。しかし、裏では財務省および近畿財務局の本省と現場が密に連絡を取り合い、安倍首相らの関与を示す記述を徹底的に削り取っていた。改ざんされた文書は数百箇所に及ぶ。
官僚トップが政治への忖度を最優先し、行政記録という民主主義の基盤を自ら破壊した罪は極めて重い。財務省が行った内部調査も身内に甘い処分にとどまり、司法の場でも真相の全面解明には至らなかったことが、今なお国民的な鬱屈を残している。